一、事业单位人事争议实体上应适用人事方面的法律规定

根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，事业单位与实行聘用制的工作人员订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，法律、行政法规或者国务院另有规定的，依照其规定；未作规定的，依照本法有关规定执行。《最高人民法院关于人民法院审理事业单位人事争议案件若干问题的规定》（法释［2003］13号）第一条规定：“事业单位与其工作人员之间因辞职、辞退及履行聘用合同所发生的争议，适用《中华人民共和国劳动法》的规定处理。”以及《最高人民法院关于事业单位人事争议案件适用法律等问题的答复》的规定，《最高人民法院关于人民法院审理事业单位人事争议案件若干问题的规定》（法释［2003］13号）第一条中的“适用《中华人民共和国劳动法》的规定处理”是指人民法院审理事业单位人事争议案件的程序运用《中华人民共和国劳动法》的相关规定。人民法院对事业单位人事争议案件的实体处理应当适用人事方面的法律规定。

因此，事业单位人事争议案件在程序上适用《劳动合同法》的规定，例如，事业单位与其工作人员发生的人事争议先向人事争议仲裁机构申请仲裁，对仲裁裁决不服的可向人民法院提起诉讼；然而，在实体上则应当适用人事方面的法律、行政法规或者国务院的有关规定。

二、聘用合同中约定违约责任条款有效

《事业单位人事管理条例》第十七条的规定：“事业单位工作人员提前30日书面通知事业单位，可以解除聘用合同。但是，双方对解除聘用合同另有约定的除外。”《事业单位人事管理条例》属于行政法规，系人事争议案件处理的重要法律依据，根据本条中的但书规定，双方可以就员工提前解除聘用合同的具体情形以及是否承担违约责任进行协商约定。同时，《国务院办公厅转发人事部关于在事业单位试行人员聘用制度的意见》（国办发〔2002〕35号）第四条规定，违反聘用合同的责任是聘用合同必须具备的条款之一。

 此外，部分地区亦规定聘用合同中当事人可自行约定违约金数额。例如《福建省人民政府办公厅转发省人事厅关于在事业单位试行人员聘用制度的实施意见的通知》（闽政办[2002]162号）第八条第（一）项中：“当事人任何一方违反聘用合同的，违约方要承担违约责任。违约金的数额由当事人双方在聘用合同中自行约定。”又如，北京市人民政府办公厅《北京市事业单位聘用合同制试行办法》第四十三条的规定，违约金数额由双方当事人在聘用合同中自行约定。

由此可见，聘用合同中应当明确约定违反聘用合同的责任，且事业单位和员工可依法自行约定违约金的数额。 

综上所述，事业单位的人事争议实体上适用人事方面的法律、行政法规或者国务院的规定；事业单位在签订聘用合同时，亦可依法约定员工提前解除合同的违约责任以及相应的违约金数额，以减轻用工风险。