医院设有急诊科、心血管病科、脑病科、肺病科、脾胃病科、肿瘤科、外科、产科、儿科、新生儿科、针灸科、推拿科、康复科、骨伤科、治未病科、疼痛科、重症医学科等30个临床科室,以及药学部、医学检验科、放射科、超声科、手术室、病理科、临床试验机构办公室等13个医技科室,15家社康中心。
医院有广东省中医重点专科8个、深圳市中医重点(特色)专科8个、福田区临床重点专科1个。
医院是广东省疼痛专科护士培训基地、广东省中医专科护士培训基地、深圳市中医专科护士培训基地,是深圳市中医护理质控中心及福田区临床护理质控中心挂靠单位,成立了李道政虎符铜砭刮痧工作室、广东省吴玉娟虎符铜砭刮痧疗法名医护士工作室、广东省王建莉火龙灸疗法名医护士工作室。
医院建立了5个全国中医学术流派临床研究基地,引进中国科学院院士仝小林团队、国医大师周岱翰团队、973首席科学家许能贵团队、973首席科学家董竞成团队等5个深圳市“医疗卫生三名工程”项目。
名中医馆汇聚了来自祖国东北、华北、华中、华南等地区的20多名国家级、省级、市级名中医。