医院临床专业齐全、学科优势突出，有妇科、产科、儿科、新生儿科、新生儿重症医学科、儿童重症医学科、成人重症医学科、内科、外科、妇保科、儿保科、耳鼻咽喉科、眼科、中医科、感染性疾病科等临床学科，配有舟山市唯一的生殖医学中心、产前诊断中心、新生儿疾病筛查中心、产后康复中心等。医院拥有妇科、儿科 2 个省级临床重点专科，妇科微创、妇科肿瘤、产科学、生殖内分泌、围产医学、新生儿重症医学科 6 个市级重点学科，以及儿童保健学、医学影像学（超声诊断方向）、心血管病学、儿童内分泌、普通外科学（乳腺外科方向）5 个局级重点学（专）科。
医院的妇、产、儿科医疗技术水平保持市内领先。妇科具备省级四级妇科内镜诊疗技术资质，是舟山市唯一具有合法开展该技术的诊疗单位；妇科微创治疗涵盖妇科各种疾病；产科承担全市 70％ 孕妇生产和全市危重症孕产妇抢救工作。生殖中心是浙江省对口支援省市共建医学重点学科，中心建有舟山唯一的男性精子功能实验室，开展人工授精辅助生育技术、试管婴儿技术等，目前辅助生育妊娠率达 57% 左右，位于省内先进水平。
内科设有呼吸内科、内分泌科、心血管科、神经内科、消化内科、肾内科、血液病科等二级学科；外科设有普外科、骨科、心胸外科、肝胆外科、泌尿外科、泌尿男性科。小儿外科是医院的特色专科，成熟开展了疝气、隐睾、先天性畸形矫正等手术治疗。
医院作为舟山市妇女儿童医疗保健中心，承担着全市妇幼保健业务指导职能，开展了以群体保健和个体保健为主的妇女儿童保健服务。
